Tujuan utama dari dibangunnya Cagar Biosfer Giam Siak Kecil - Bukit Batu adalah tercapainya pembangunan berkelanjutan di bentang lansekap (sustainable development of the landscape) hutan rawa gambut, tasik dan sistem perairannya, dan lahan gambut yang telah dikonversi menjadi HTI, perkebunan, pertanian, dan pemukiman. Air adalah issue pokok di lansekap ini karena dibawah permukaan tanahnya mempunyai ciri "dome" penampung air terutama di kawasan bagian tengah. Sekala lansekap ini penting agar eko-hidrologinya seimbang untuk mendapatkan produktivitas optimal melestarikan dan memanfaatkan keanekaragaman hayati, serta budidaya lainnya seperti hutan tanaman industri, perkebunan sawit dan karet beserta industrinya, pekarangan dan pertanian masyarakat beserta usaha kecilnya.
Usulan Rencana Pengelolaan Cagar Biosfer Giam Siak Kecil - Bukit Batu Tahun 2009 - 2013 dimaksudkan untuk memberikan panduan, kerangka, dan acuan pengelolaan didasarkan pada prinsip "multi stakeholders management" mengingat bervariasinya lansekap dan pemangkunya. Pengaturannya memakai sistem pembagian wilayah yaitu area inti (core area) untuk pelestarian, zona penyangga (buffer zone) sebagai bumper, dan kawasan luar yang merupakan area transisi (transition area) atau kawasan budidaya dari berbagai pemangku kepentingan untuk bekerjasama dengan masyarakat lokal dan pengusaha swasta lainnya.
Area inti Cagar Biosfer harus mempunyai esensi perlindungan hukum berjangka panjang agar kelestarian keanekaragaman hayatinya dapat terjamin. Perlindungan hukum bukan hanya yang berstatus hukum formal seperti suaka margasatwa, cagar alam, taman nasional, maupun hutan lindung, namun dapat pula perlindungan adat dan kesepakatan masyarakat asalkan berskala waktu panjang pula. Bahkan hutan berstatus hutan produksi asalkan tidak dikonversi menjadi non hutan alam. Area inti cagar biosfer juga tidak akan mengubah status historis kepemilikan lahannya. Kegiatan yang boleh dilakukan di area inti adalah pemantauan ekosistem yang tidak mengganggu dan penelitian yang tidak merusak (tanpa manipulasi) serta kegiatan-kegiatan lain bernuansa pendidikan.
Area inti usulan Cagar Biosfer Giam Siak Kecil - Bukit Batu seluas sekitar 174.500 ha merupakan perpaduan antara kawasan konservasi dan hutan produksi yang tidak dikonversi. Perpaduan ini merupakan sesuatu yang baru di Indonesia, mengingat semua enam cagar biosfer di Indonesia mempunyai area inti yang berstatus taman nasional. Komponen penyusun area inti Cagar Biosfer Giam Siak Kecil - Bukit Batu adalah Suaka Margasatwa Giam Siak Kecil seluas sekitar 75.000 ha, Suaka Margasatwa Bukit Batu seluas sekitar 24.800 ha, konsesi hutan produksi Sinar Mas seluas sekitar 72.000 ha (PT Bukit Batu Hutani Alam, PT Dexter Timber Perkasa Indonesia, PT Sakato Pratama Makmur, dan PT Satria Perkasa Agung), serta eks HPH PT Rimba Rokan Lestari.
Keanekaragaman hayati area inti Cagar Biosfer Giam Siak Kecil - Bukit Batu sangat tinggi yang hidup di berbagai ekosistem yang masih utuh. Penelitian LIPI tahun 2007 melaporkan paling tidak terdapat 126 jenis pohon yang tergolong dalam 67 marga dan 34 suku (LIPI 2008). Jumlah jenis tumbuhan akan makin meningkat bila ditambah dengan jenis semak dan terna. Marga pohon yang dominan adalah Calophyllum, Chamnosperma, Dyaera, Alstonia, Shores, Gonystylus, dan Palaquium. Hal yang sangat menarik adalah masih banyak ditemukannya jenis ramin (Gonystylus bancanus) dan gaharu (Aquilaria beccariana), serta meranti bunga (Shorea teysmanniana) dan punak (Tetramerista glabra) yang dikenal sebagai indikator hutan rawa yang masih baik. Dua jenis unggulan untuk dikembangkan di zona penyangga sebagai tanaman eks-situ adalah ramin dan gaharu. Jenis tersebut memenuhi kriteria Departemen Kehutanan untuk dibudidayakan di areal hutan yang terdegradasi.